اسحاق جهانگیری، معاون اول روحانی، در جریان مناظرات انتخابات سال 1396 در صداوسیما، تهمتهای عجیبی به قالیباف زد: «اختلاس در ارائۀ تسهیلات مسکن به کارکنان شهرداری، اختلاس 2200 میلیارد تومان در املاک شهرداری تهران، فروختن آپارتمانهایی دهمیلیاردی به قیمت دو میلیارد تومان، اعمال نفوذ و لابیکردن در مجلس و شورای شهر برای جلوگیری از تحقیق و تفحص، و انتقال سهم شهرداری در بانک سرمایه به یک مفسد اقتصادی».
قالیباف بهدلیل این تهمتها و افتراها، از جهانگیری شکایت کرد و دادستان وقت تهران پرونده را به شعبۀ 15 دادسرای ویژۀ رسیدگی به جرائم کارکنان دولت ارجاع داد. جهانگیری، علیرغم تجدیدنظرخواهی، در این دادگاه به دو جرم «افترا» و «اتهام نشر اکاذیب» با اجرای مجازات اشد محکوم شد.
در رأی دادگاه به شمارۀ پروندۀ 9709982133500052 در تاریخ 1402/10/19 چند نکته آمده است:
۱. جهانگیری بدون سند تهمت زده است: «از حیث اثبات عناوین اتهامی به شاکی در فرآیند رسیدگی، دلیل و مستندی بر اثبات ادعای خود ارائه نکرده است».
۲. قالیباف در پروندۀ تسهیلات مسکن و اتهامات بانکی تبرئه شده است: قالیباف «از اتهام تضییع اموال عمومی و تبانی در معاملات در موضوع ارائۀ تسهیلات مسکن به کارکنان شهرداری مبرا شده است».
۳. قالیباف در پروندۀ املاک شهرداری تبرئه شده است: «سازمان بازرسی کشور اعلام میدارد پروندۀ موسوم به املاک شهرداری تهران مربوط به آقای محمدباقر قالیباف و سایر اعضای ستاد سازماندهی مسکن شهرداری تهران منجر به صدور قرار منع تعقیب گردیده و شاکی در این خصوص در سازمان بازرسی کل کشور پروندۀ مفتوحه ندارد».